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La fusariose de l’épi (FHB) est une maladie du blé principalement causée par le champignon pathogène Fusarium graminearum. Cette maladie est contrôlée par un dialogue moléculaire complexe impliquant des effecteurs fongiques capables de contourner toutes résistances de la plante lors de fortes pressions parasitaires. Le développement de nouvelle méthodes de lutte constitue actuellement un enjeu sociétal majeur puisqu’elle affecte non seulement le rendement et la qualité nutritionnelle des grains, et provoque également de graves problèmes sanitaires tout au long de la chaîne alimentaire via la contamination des céréales par des mycotoxines.

Dans ce contexte, les travaux de thèse de Francis Fabre, consistent à explorer les déterminants moléculaires précoces responsable de la sensibilité du blé tendre à cette maladie. Le premier objectif de la thèse était d’établir la première cartographie fine des évènements moléculaires précoces afin d’identifier, (i) les effecteurs fongiques impliqués dans la manipulation parasitaire et, (ii) les facteurs de sensibilité du blé impliqués dans le succès de la maladie. Au cours de cet objectif, l’observation d’ajustements simultanés dans les protéomes végétal et fongique au cours des stades précoces de la maladie a permis d’identifier des effecteurs fongiques s’ajustant au contexte du développement du grain ciblant des facteurs de sensibilité candidats de la plante étroitement liées aux processus cellulaires basaux intervenant au cours de l'ontogenèse de l'épillet.

Le deuxième objectif de thèse avait pour but d’analyser l’impact des fonds génétiques des souches fongiques et des cultivars de blé sur le développement de la maladie. L’analyse du dialogue moléculaire établi lors de différentes combinaisons de souches et de cultivars de blé a permis d’initier la reconstruction des réseaux de régulation mis en œuvre dans les différents contextes d'agressivité et de sensibilité en établissant les connexions possibles entre la sensibilité de la plante et les effecteurs fongiques exprimés au même stade ontogénique. Conjointement, les résultats obtenus au cours de ces deux objectifs fournissent un ensemble de données original élargissant notre compréhension sur la nature et les spécificités des  mécanismes moléculaires déterminant le devenir de l’interaction qui serviront, à terme, à développer de nouvelles méthodes de lutte contre cette maladie.