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La plateforme Gentyane assure une mission de R&D et de service pour la communauté scientifique et des partenaires socio-économiques d’une large gamme d’application de génotypage sur puce à haut débit, et de séquençage Longs Fragments à haut débit.

La plateforme de services génomiques Gentyane, Génotypage et Séquençage à Haut Débit, est rattachée à l’UMR INRAE-UCA 1095 Génétique Diversité et Écophysiologie des Céréales. Gentyane développe : (1) une activité de recherche et de développement sur les technologies de génotypage et séquençage en lien avec les équipes de recherche de l’UMR GDEC ; (2) une activité de prestation de service de génotypage et séquençage pour le compte d’autres équipes INRAE ou d’autres organismes publics et privés ; (3) une veille technologique permettant de mettre en place de nouveaux outils répondant mieux, plus rapidement et à un coût moindre aux attentes des utilisateurs. La plateforme est certifiée ISO 9001 : 2015 et NF-X 50-900 2016, labélisée Infrastructure Scientifique Collective en septembre 2018 et membre de l’infrastructure INRAE Genomics depuis septembre 2019.

Activités

Prestations pouvant être proposées :

- Prestation en production Haut-Débit :

• Génotypage : Microsatellites (SSR), Single Nucleotide Polymorphism (SNP), variations structurales (CNV)
• Séquençage : Longues lectures (PacificBiosciences Sequel 1 et Sequel 2)
• Optical Mapping : Cartes optiques (BionanoGenomics Saphyr V2)

- Applications Génomiques proposées :

• Séquençage et assemblage de génomes complexes
• Analyse de variants structuraux (SNP Single Nucleotide Polymorphism, SSR Simple Sequence Repeat, CNV Copy Number Variation) pour caractérisation diversité phylogénétique
• Analyse expression).

- Applications Génomiques en développement :

• Séquençage génomes complexes : association de techniques pour l’obtention      d’un service novateur : Pacific Biosciences Sequel 2 + Bionano genomics Saphyr ( et/ ou TEN X Genomics). Associés aux outils bioinformatiques classiques d’assemblage des génomes (en lien avec la plateforme SIBI), ce service permettra à terme de proposer un service clé en main d’analyse de la structure de tout génome complexe.

La Plateforme GENTYANE dispose des dernières technologies de séquençage (Pacific Biosciences Sequel 1M) et de génotypage de marqueurs SNP (puces Axiom HD et LD (Affymetrix), Fluidigm Biomark, LightCycler 480, …).

Pour plus d'informations, consultez le site de la plateforme gentyane.clermont.inrae.fr