L'équipe BIOINFO assure un service en bioinformatique et informatique dans l'unité et mène également des recherches sur les relations entre la structure, l'expression, et l'évolution du génome, avec un focus sur la dynamique des éléments transposables et leur rôle dans l'architecture du génome et l'adaptation.

 Activités transversales

• Traitement de données génomiques
•    Assemblage des génomes, RNASeq, recherche de polymorphismes
•    Annotation et analyse des génomes
•    Génomique comparative, phylogénie
•    Recherche de gènes candidats, marqueurs moléculaires
• Formation bioinfo
•    Outils bioinfo, NGS, BLAST, etc.
•    Bash et calculs sur HPC
•    Galaxy
• Administration système et gestion des données
•    Assistance matérielle et logicielle
•    Interface avec les partenaires et fournisseurs de matériels informatiques
•    Administration des serveurs physiques et virtuels dédiés aux calculs, stockage, archivage

Projet de recherche

• Développements méthodologiques
•    Séquençage, assemblage, et annotation des génomes complexes
•    Exploration de la variabilité génomique
• Dynamique du génome
•    Dynamique des éléments transposables (TE) et variabilité génomique chez les Triticeae
•    TE et mécanismes d'adaptation
•    Régulation de l'activité des TE, impact de la polyploïdie et des introgressions

Membres de l'équipe (2023)

• Frédéric CHOULET, IR INRAE, Responsable d'équipe
• Hélène RIMBERT, IE INRAE
• Pauline LASSERRE-ZUBER, IE INRAE
• Vincent PAILLER, IE CDD
• Fabien LELOUP, AI INRAE
• Philippe LEROY, IR (chargé de mission retraite)

Anciens membres

• Nathan PAPON (doctorant 2019-2023)
• Jean-François CHARMET, TR INRAE
• Romain DE OLIVEIRA, doctorant (09/2016-12/2019)
• Cécile MONAT, postdoc (03/2019-02/2021)
• Stagiaires :
  • Matthaus SIRVENT, M1 Bioinfo UCA (2023)
  • Corentin BONHOMME, M1 Bioinfo UCA (2023)
  • Nezha WATIL M2 Bioinfo UCA (2022)
  • Alice BRICHET DIT FRANCE, DUT GB Bioinfo UCA (2021)
  • Nolwenn PERARD, L3 GPIB Université de Poitiers (2021)
  • Emilie GERARD-MARCHANT, M2 Bioinfo UCA (2020)
  • Joris MORDIER, M1 Bioinfo UCA (2019)

Publications récentes (5 ans)

2023

Papon, N., Lasserre-Zuber, P., Rimbert, H., De Oliveira, R., Paux, E., and Choulet, F. (2023). All families of transposable elements were active in the recent wheat genome evolution and polyploidy had no impact on their activity. Plant Genome 16, e20347. 10.1002/tpg2.20347

Zhang, J., Debernardi, J.M., Burguener, G.F., Choulet, F., Paux, E., O'Connor, L., Enk, J., and Dubcovsky, J. (2023). A second-generation capture panel for cost-effective sequencing of genome regulatory regions in wheat and relatives. Plant Genome 16, e20296. 10.1002/tpg2.20296

2022

Aury, J.M., Engelen, S., Istace, B., Monat, C., Lasserre-Zuber, P., Belser, C., Cruaud, C., Rimbert, H., Leroy, P., Arribat, S., Dufau, I., Bellec, A., Grimbichler, D., Papon, N., Paux, E., Ranoux, M., Alberti, A., Wincker, P., and Choulet, F. (2022). Long-read and chromosome-scale assembly of the hexaploid wheat genome achieves high resolution for research and breeding. Gigascience 11. 10.1093/gigascience/giac034

Hussain, B., Akpınar, B.A., Alaux, M., Algharib, A.M., Sehgal, D., Ali, Z., Aradottir, G.I., Batley, J., Bellec, A., Bentley, A.R., Cagirici, H.B., Cattivelli, L., Choulet, F. […] Appels, R., and Budak, H. (2022). Capturing Wheat Phenotypes at the Genome Level. Front Plant Sci 13, 851079. 10.3389/fpls.2022.851079

Darrier, B., Colas, I., Rimbert, H., Choulet, F., Bazile, J., Sortais, A., Jenczewski, E., and Sourdille, P. (2022). Location and Identification on Chromosome 3B of Bread Wheat of Genes Affecting Chiasma Number. Plants (Basel) 11. 10.3390/plants11172281

2021

Juery, C., Concia, L., De Oliveira, R., Papon, N., Ramírez-González, R., Benhamed, M., Uauy, C., Choulet, F., and Paux, E. (2021). New insights into homoeologous copy number variations in the hexaploid wheat genome. Plant Genome 14, e20069. 10.1002/tpg2.20069

Zhu, T., Wang, L., Rimbert, H., Rodriguez, J.C., Deal, K.R., De Oliveira, R., Choulet, F., Keeble-Gagnère, G., Tibbits, J., Rogers, J., Eversole, K., Appels, R., Gu, Y.Q., Mascher, M., Dvorak, J., and Luo, M.C. (2021). Optical maps refine the bread wheat Triticum aestivum cv. Chinese Spring genome assembly. Plant J 107, 303-314. 10.1111/tpj.15289

2020

De Oliveira, R., Rimbert, H., Balfourier, F., Kitt, J., Dynomant, E., Vrána, J., Doležel, J., Cattonaro, F., Paux, E., and Choulet, F. (2020). Structural Variations Affecting Genes and Transposable Elements of Chromosome 3B in Wheats. Front Genet 11, 891. 10.3389/fgene.2020.00891

Tahir, A., Kang, J., Choulet, F., Ravel, C., Romeuf, I., Rasouli, F., Nosheen, A., and Branlard, G. (2020). Deciphering carbohydrate metabolism during wheat grain development via integrated transcriptome and proteome dynamics. Mol Biol Rep 47, 5439-5449. 10.1007/s11033-020-05634-w

2019

Balfourier, F., Bouchet, S., Robert, S., De Oliveira, R., Rimbert, H., Kitt, J., Choulet, F., Paux, E., Consortium, I.W.G.S., and Consortium, B. (2019). Worldwide phylogeography and history of wheat genetic diversity. Sci Adv 5, eaav0536. 10.1126/sciadv.aav0536