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Face au dérèglement climatique actuel, une recrudescence des maladies fongiques du blé est constatée partout en France, à l’origine de pertes importantes pouvant atteindre 25 à 50 q/ha (Arvalis 2016). Celles-ci sont en grande partie causées par trois espèces fongiques que sont F. graminearum, Z. tritici et P. striiformis Parallèlement, les produits antifongiques de synthèse utilisés de façon conventionnelle pour lutter contre ces pressions parasitaires font face à plusieurs limitations : une érosion de l’efficacité de ces produits due à des phénomènes de résistance chez les populations pathogènes, ainsi qu’une confrontation à des questions de santé publique. Afin de répondre aux attentes alimentaires, environnementales et sociétales, ce projet thèse propose une solution alternative de bioprotection des cultures de blés tendre contre les espèces pathogènes citées.

Certaines bactéries de la rhizosphère des plantes, qualifiées de PGPR (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria) confèrent un effet phytobénéfique de protection sur les plantes, via une multitude de mécanismes (Vacheron et al. 2013 Front Plant Sci 4 : 356). En particulier, les bactéries phytoprotectrices qui permettent une activation des réponses de défense de l’hôte (Résistance Systémique Induite), ou qui sont capables de contrôler des organismes phytoparasites via des mécanismes d’antagonisme présentant un intérêt majeur en phytoprotection.  

Une première phase de sélection sur des bactéries de biocontrole du blé contre deux des agents fongiques reponsables de la septoriose et de la fusariose du blé sera réalisé à l'échelle  in vitro au LEM de Lyon. L’activité biocontrôle sera ensuite testée sur plusieurs variétés de blé, présentant différents niveaux de sensibilité. Une analyse des mécanismes de stimulation des défenses des plantes induites par les souches protectrices sera réalisée via l’étude des niveaux de transcription de gènes du blé (voie hormonale, protéines de défense). Pour la souche présentant les meilleurs résultats, les étapes de production industrielle en fermenteur d’un produit de Biocontrôle seront initiées via le partenaire industriel BIOVITIS.