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Le développement des technologies de Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) a donné accès à un nombre de plus en plus important de génomes séquencés et annotés, ouvrant la voie à des analyses structurales, fonctionnelles et comparatives. C’est particulièrement vrai pour les microorganismes pathogènes animaux et végétaux. Cette grande masse information a permis des avancées significatives dans la compréhension des gènes, fonctions et mécanismes impliqués dans la capacité de ces agents à attaquer leur hôte respectif (processus infectieux, agressivité) ou à évoluer pour répondre aux mécanismes de défense mis en place par celui-ci (co-évolution hôte/pathogène). Ces résultats ont entre-autres permis de montrer des similitudes dans les stratégies infectieuses, et de mettre en évidence le rôle clef des effecteurs dans ces processus. Les objectifs du projet de Thèse sont doubles : (1) analyser la diversité génomique de deux agents pathogènes adaptés à des spectres d’hôtes très différents : la bactérie pathogène opportuniste responsable d’infections nosocomiales chez l’homme, Acinetobacter baumannii, et le champignon mycotoxinogène, Fusarium graminearum, responsable de la fusariose des épis chez les céréales ; (2) identifier des facteurs de virulence, et en particulier des effecteurs, chez des souches présentant différents niveaux d’agressivité. La stratégie repose sur le séquençage et la reconstruction du génome de 11 souches bactériennes et de 9 souches fongiques, avec l’analyse des régions variables et conservées au sein de chaque espèce, l’annotation précise des gènes, et la caractérisation des gènes et des fonctions impliqués dans les processus infectieux de ces deux microorganismes. Un focus sera porté sur le set d’effecteurs respectifs de ces deux espèces, et de sa variabilité intraspécifique.