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L’objectif de cette thèse est d’identifier des déterminants génomiques de l’aptitude au croisement et de la vigueur hybride. Un intérêt particulier sera apporté aux variations structurales qui sont susceptibles d’être associées à des différences de contenu génique et sont à ce titre de bons candidats pour des régions impactant ces caractères.

Pour cela, nous proposons de prendre en compte la structure particulière du génome du blé. En effet, les études récentes de l’organisation du génome ont mis en évidence un partitionnement structural et fonctionnel des chromosomes. Ainsi, les régions distales des chromosomes concentrent la quasi-totalité de la recombinaison. Ce sont également les régions dans lesquelles la densité de gènes est la plus élevée, avec des gènes exprimés de façon plus spécifique et impliqués dans les mécanismes d’adaptation. Dans la mesure où une analyse pangénomique peut être biaisée par des régions proximales moins variables, nous proposons une approche innovante basée sur l’étude différentielle des compartiments chromosomiques afin de mettre en évidence de relations entre variations structurales, caractères phénotypiques et hétérosis.