Apparu dans la zone du Croissant Fertile, il y a environ 10 000 ans, le blé tendre est le fruit d’une histoire évolutive complexe, faite de deux évènements de polyploïdisation, de spéciation homoploïde, d’hybridations interspécifiques récurrentes, de domestication, de migration, d’adaptation, de sélection… Cette histoire évolutive a conduit à une importante diversité génétique et à une aire de distribution extrêmement large. Ce projet vise à comprendre les relations entre l’histoire évolutive récente et la diversité génétique du blé. Nous nous intéressons particulièrement aux évènements qui se sont produits post-hexaploïdisation et qui concernent notamment la diffusion à partir du Croissant Fertile et l’adaptation à de nouveaux environnements ainsi que les croisements intra- et interspécifiques subis par le blé tendre, qu’ils soient naturels ou le fruit de la sélection variétale. La diversité génétique sera caractérisée aux niveaux génomique (SNP, variations structurales, partitionnement des chromosomes…), épigénomique (marques d’histones, structure de la chromatine, conformation des chromosomes…) et phénotypique.

A partir du Croissant Fertile, le blé a suivi les routes migratoires humaines, vers l’Europe et l’Asie, résultant en deux pools génétiquement très distincts. Pour comprendre la différentiation des pools Européens et Asiatiques, nous nous intéressons aux altérations génétiques, génomiques et épigénomiques en réponse à de nouveaux environnements. Pour cela, nous caractérisons sur le plan génomique (capture d’exome ou d’ISBP, cartes optiques…) et épigénomique (H3K27me3, structure 3D…), une collection de landraces qui représentent la diversité génétique originelle du blé, ainsi que d’autres espèces proches, notamment T. dicoccoides. En mettant en regard (épi)génomes et origines géographiques (incluant des données environnementales), nous étudions la différentiation du blé et mettons en évidence des polymorphismes (SNP, variations structurales, épiallèles…) potentiellement impliqués dans l’adaptabilité du blé et sa plasticité phénotypique.

La sélection variétale a également été un facteur déterminant de la diversité mondiale. En effet, elle a non seulement entraîné un biais important par rapport à la diversité originelle, mais elle a également engendré une nouvelle diversité génétique par l’introduction d’espèces apparentées dans les schémas de sélection. Au travers de l’analyse de variétés cultivées, mais également de nouvelles lignées produites par les programmes de pre-breeding et de breeding de l’équipe (blé tendre, de blé synthétique, triticale…), nous souhaitons caractériser la diversité génétique moderne et étudier l’impact de la sélection variétale (fécondation croisée chez une espèce autogame, introgressions…) sur la stabilité et le fonctionnement du génome et de l’épigénome.