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Bancel E, Bonnot T, Davanture M, Alvarez D, Zivy M, Martre P, Déjean S and Ravel C.

Proteomic Data Integration Highlights Central Actors Involved in Einkorn (Triticum monococcum ssp. monococcum) Grain Filling in Relation to Grain Storage Protein Composition.

Front. Plant Sci. 10:832.

2019.00832 -  (doi: 10.3389/fpls.)

Suite à l’analyse protéomique réalisée en collaboration avec l’équipe PAPPSO (Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest) dans le cadre de la thèse de Titouan Bonnot, nous disposons de nombreuses données protéomiques parmi lesquelles celles concernant la quantification de protéines métaboliquement actives ou albumines-globulines.

L’un de nos objectifs est d’identifier parmi ces protéines celles qui seraient centrales dans la régulation de l’accumulation des réserves du grain en utilisant des approches complémentaires à celles déjà utilisées dans l’équipe et publiées (Bonnot et al, 2017).

L’intégration de données -omiques a donc été réalisée grâce au package R MixOmics en collaboration avec Sébastien Déjean de l’Institut de Mathématiques de Toulouse.

Cette méthode appliquée aux protéines métaboliquement actives et aux protéines de réserve (PR), nous a permis de mettre en évidence et de représenter les corrélations entre ces deux classes de protéines. Certaines albumines-globulines peuvent être impliquées dans la régulation du développement du grain et de l’accumulation des PR, et être associées à des caractères agronomiques d’intérêt. L’identification de telles protéines nous permet de connaitre les voies métaboliques potentiellement impliquées dans la synthèse des PR et de mettre en évidence des acteurs clés pouvant faire l’objet d’autres études de validation (au moins statistique comme la génétique d’association).

Contact : Catherine Ravel (BIANCA)