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La thèse, entreprise dans le cadre du projet européen H2020-SAFFI "Safe Food For infant in the EU and China", a pour ambition d’évaluer l’intérêt du métabolome volatil (volatolome) pour étudier l’influence de l’écosystème microbien d’un aliment sur le développement de pathogènes aux étapes critiques d’une chaine de fabrication d’un aliment infantile. Le travail sera mené en collaboration étroite avec plusieurs partenaires internationaux du projet SAFFI et notamment l’UNITO de Turin (Italie) avec qui des échanges inter-laboratoires de doctorants sont planifiés.

Le projet de thèse s’articulera autour de deux phases visant respectivement à (i) comparer les performances des différentes options d’analyse du volatolome microbien de l’aliment ; (ii) caractériser en utilisant l’option la plus performante, les conditions d’environnement microbien (microbiote de l’aliment, microbiote environnant la chaine de production) qui sont susceptibles de favoriser ou d’inhiber le développement des pathogènes dans les aliments infantiles. Associés à d’autres données multiomiques sur la structure et la fonction des écosystèmes environnant les pathogènes, les nouvelles informations phénotypiques apportées par le volatolome devraient permettre une meilleure prédiction du comportement des pathogènes dans le produit et ainsi, une évaluation plus fiable des risques microbiologiques.

Encadrants : Erwan Engel (directeur de thèse) et Jérémy Ratel.