MEDiS s’articule autour de quatre thèmes de recherche interactifs :

• Pathogènes Alimentaires Zoonotiques (PAZ), avec l’étude de l‘écophysiologie des Escherichia coli pathogènes diarrhéiques (DEC), et plus généralement du colibiome et du microbiome associé, ainsi que de Listeria monocytogenes (Responsable Thématique : Sabine Leroy)
• Fonctions Métaboliques du Microbiote digestif et Dysbioses (FM2D), en particulier avec l’étude des polyphénols et de polluants xénobiotiques mais aussi le syndrome de l’intestin irritable (SII) ou l’obésité en ce qui concernes les dysbioses (Responsable Thématique : Lucie Etienne-Mesmin)
• GALéniques INNovantes (GALINN) avec le développement de nouvelles stratégies de vectorisation de probiotiques, de prébiotiques ou de substances actives (Responsable Thématique : Ghislain Garrait)
• INNOvations et développement de modèles in VITRO (INNOVITRO) avec le développement de systèmes digestifs artificiels ou de capture de gènes (Responsable Thématique : Sylvain Denis).

Concernant son organisation fonctionnelle, l’UMR s’appuie sur une Equipe de Direction constituée des DU et DUA ainsi que des Responsables Thématiques.

L’Equipe de direction travaille en concertation avec le Conseil Scientifique et le Conseil d’Unité, ainsi que les Référents Coordinateurs Qualité et Prévention ou encore les correspondants Formation, Europe et Valorisation.

Les différents niveaux d’échange se font mensuellement au cours des Réunions d’Unité réunissant l’ensemble des personnels de l’UMR et des Réunions des Scientifiques, ainsi que semestriellement en Réunions de Conseil d’Unité.

L'UMR MEDiS accueille et collabore avec des personnels détachés de la société Lallemand.

Lallemand, en particulier son Unité d’Affaires Nutrition Animale, développe depuis plus de 20 ans un partenariat de recherche privilégié avec l’UMR MEDiS concernant l’utilisation d’additifs alimentaires pour les animaux d’élevage dont les travaux émargent sur les thèmes FM2D et PAZ.

L’Unité héberge 4 plateaux techniques avec :

• l’Installation Expérimentale Microbiologie (IEM) INRAE, mettant à disposition une animalerie gnotobiotique.
• le plateau UCA Partner GALBIPHARM dédié à l’évaluation biopharmaceutique et galénique.
• le plateau UCA Parnter DIGESTIV dédié aux systèmes digestifs artificiels.
• le plateau UCA Parnter CAPTURE dédié à la capture de gènes par hybridation.

 Lien vers les plateaux techniques

Nous avons des liens privilégiés avec des plateformes régionales extérieures dans lesquelles des scientifiques de MEDiS ont des responsabilités :

• la plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi) 
• la plateforme d’exploration du métabolisme (PFEM) 
• la plateforme IRICE PRIMUM en systèmes digestifs artificiels et étude clinique