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UMR EPIA - Unité Mixte de Recherche d'EPIdémiologie des maladies Animales et zoonotiques

EPIA

Appel à candidature - Offre Master 2

26 novembre 2021

Appel à candidature - Offre Master 2
MASTER 2 - EPIA - SITE DE THEIX

Influence du mode de naissance & de la complémentation en pré-biotiques sur le microbiote intestinal du veau

Description du contexte et des objectifs du stage :

  • Le microbiote intestinal est l’ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons et virus) vivant dans le tractus digestif d’un hôte. Il se construit à partir des premiers jours de vie et a un rôle fondamental dans le développement et la santé de l’hôte qui l’accueille. Chez l’humain, on observe des différences entre le microbiote des enfants nés par voie naturelle ou par césarienne, attribuées à l’insémination par le microbiote des voies génitales dans les naissances naturelles. Chez le veau charolais, les césariennes sont courantes, mais leur impact sur le microbiote est mal connu. Des complémentations en bactéries et levures (probiotiques), support de croissance (pré-biotiques) ou produits bactériens (post-biotiques) sont parfois administrées pour soutenir le développement du microbiote intestinal. Les diarrhées, qui sont associées à des perturbations du microbiote intestinal, sont une des principales maladies du veau et un enjeu important de gestion sanitaire.  
  • L’objectif de ce projet de recherche est d’étudier l’impact du mode de naissance et de la complémentation en pre- et post biotique sur le microbiote intestinal, la santé et les paramètres zootechniques des veaux charolais. Une collecte a déjà été menée sur 100 veaux charolais, nés par voie naturelle ou césarienne et complémentés ou non en probioFAP (Original process) visant à recueillir les paramètres zootechniques, les interventions de l’éleveur et des échantillons de fèces durant les 20 premiers jours de vie. Les gènes 16S présents dans les échantillons ont été séquencés afin d’obtenir une image des bactéries présentes et de leurs abondances relatives dans les microbiotes intestinaux des veaux. Une partie des échantillons a déjà fait l’objet d’une analyse statistique concernant l’impact du mode de naissance et de la complémentation sur la richesse, la diversité et la composition du microbiote au cours du temps.
  • Les objectifs de ce stage sont d’approfondir ces analyses en évaluant l’impact des pratiques d’élevage sur le développement du microbiote intestinal des veaux, par des analyses statistiques classiques (analyse multivariée (ACP, AFC), modèle linéaire généralisé à effet aléatoire) et/ou par l’analyse du réseau d’associations bactériennes qui structure le microbiote, à l’aide d’un package R développé par l’Unité. Si l’étudiant est intéressé et motivé, il est possible de poursuivre ce travail par la modélisation du réseau d’interactions biologiques impactant les dynamiques de la communauté bactérienne, et de continuer dans ce domaine par une thèse dans le même laboratoire.

Compétences requises :

  • Le candidat aura une formation en écologie microbienne et/ou santé animale, avec un intérêt pour les approches quantitatives et des compétences en statistiques et modélisation, ou une formation en statistiques ou biomathématique avec un intérêt fort pour l’écologie microbienne et la santé animale.
  • De bonnes capacités à utiliser R seront nécessaires. 

Modalités pratiques :

Le stage se déroulera sur le site INRAE de Theix, près de Clermont-Ferrand, et démarrera entre janvier et avril 2022 pour une période de 5 à 6 mois.

Laboratoire d’accueil : UMR Epidémiologie des maladies animales et zoonotique

Équipe d'accueil / environnement scientifique :

  • Anaïs Bompard (CR INRAE épidémiologie)
  • Xavier Bailly (IR INRAE épidémiologie moléculaire – DU)
  • Thibaut Lurier (AERC Pathologie du Bétail, VetAgro Sup)
  • Claire Becker (MC Pathologie du Bétail, VetAgro Sup, DU)
  • Zorée Djelouadji (MC bacteriologie, VetAgro Sup)
  • Patrick Gasqui (IR INRAE biostatistiques)

Responsables scientifiques du stage / contact :

Pour postuler, merci d’envoyer votre CV et une lettre de motivation par mail à :

  • Anaïs Bompard : 
    • Tel : 0664437399
    • Mail : anais.bompard@inrae.fr
    • Adresse : UMR EPIA, Site INRAE, route de Theix, 63122 Saint Genes Champanelle
  • Thibaut Lurier
    • Tel : 0680509496
    • Mail : thibaut.lurier@vetagro-sup.fr 
    • Adresse : UMR EPIA, Service de Pathologie du bétail, VetAgro Sup Campus vétérinaire de Lyon, 1 avenue Bourgelat, 69210, Marcy l’Etoile

Publications récentes en relation avec le sujet:

  • Klein-Jobstl, D.; Quijada; Dzieciol; Feldbacher. Microbiota of Newborn Calves and Their Mothers Reveals Possible Transfer Routes for Newborn Calves’ Gastrointestinal Microbiota. PLOS ONE 2019, 14 (8).
  • Cougoul A, Bailly X, Vourc’h G, Gasqui P (2019) Rarity of microbial species: In search of reliable associations. PLoS ONE 14(3): e0200458. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200458
  • Xiao Y, Angulo MT, Friedman J, Waldor MK, Weiss ST, Liu YY. Mapping the ecological networks of microbial communities. Nat Commun. 2017 Dec 11;8(1):2042. doi: 10.1038/s41467-017-02090-2. PMID: 29229902; PMCID: PMC5725606.