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Analyse des échantillons au laboratoire 

L’objectif de nos analyses au laboratoire est de détecter et caractériser les agents pathogènes étudiés dans l’UMR. Nous analysons des échantillons de différentes natures en particulier : tiques entières, prélèvements sur animaux, prélèvements environnementaux.

Pour cela, nous utilisons en routine des méthodes de détection directe des acides nucléiques des agents pathogènes : PCR en plaques ou en puces micro fluidiques, hybridation sur membrane. Couplées au séquençage à haut débit ces méthodes nous permettent de caractériser la diversité spécifique et génétique des agents pathogènes. Dans certaines matrices, l’utilisation de la PCR en temps réel permet d’obtenir des résultats quantitatifs en nombre équivalent de génomes de bactéries pathogènes. La méthode sérologique ELISA nous permet de caractériser indirectement l’exposition d’un organisme à un agent pathogène.                  

 Sur le site de Theix (INRA ARA), l’UMR dispose d’une plateforme de biologie moléculaire structurée en 4 pièces distinctes pour respecter une marche en avant :

1. préparation des consommables et des réactifs nécessaire aux analyses (hotte à UV, production d’eau milliQ™) ;
2. laboratoire L2 : identification morphologique des tiques (équipements de microscopie), purification d’ADN à partir des échantillons de différentes natures (automate d’extraction, micro-spectrophotomètre), réalisation de clonage et de culture de bactéries pathogènes de type 2 (PSM, incubateurs) ;
3. amplification d’ADN par PCR et qPCR (3 thermocycleurs dont 1 équipé d’un bloc optique CFX96™) et préparation des librairies de séquençage (Qubit™) ;
4. analyses post PCR (fours à hybridation, appareils de dépôts sur membrane, cuves d’électrophorèse, Gel Doc™).

Nos Agents :

• BARRY Séverine - Animatrice - Technicienne de la Recherche (TREX) - Page Personnelle
• MASSÉGLIA Sébastien - Assistant Ingénieur (AI) - Page Personnelle
• POUX Valérie - Technicienne de la Recherche (TRSUP) - Page Personnelle